Computational modelling and study of electrostatic interactions in biological systems – Francesco Luca Falginella, Ph.D.
Francesco Luca Falginella, Ph.D.
Doctoral thesis
Computational modelling and study of electrostatic interactions in biological systems
Computational modelling and study of electrostatic interactions in biological systems
Abstract:
Všechny hlavní biomolekuly, jako jsou proteiny, lipidy a nukleové kyseliny, obsahují nabité a/nebo polární chemické skupiny. Elektrostatické interakce těchto skupin patří k nejsilnějším a nejdalekodosahovějším v biologických systémech. Tyto interakce proto hrají klíčovou roli při určování rozpustnosti, struktury a funkce molekul. Ve výpočetní biologii se elektrostatické interakce popisují pomocí parciálních …moreAbstract:
All major biomolecules such as proteins, lipids, and nucleic acids contain charged and/or polar chemical groups. The electrostatic interactions of these groups are among the strongest and most long-range in biological systems. Consequently, these interactions play a crucial role in the determination of molecular solubility, structure, and function. In computational biology, electrostatic interactions …moreKeywords
Elektrostatické interakce Parciální atomové náboje Metoda ekvalizace elektronegativit DEP doména C-koncová doména RNA polymerázy II Virus LRV1 Interakce protein-membrána Fázová separace kapalina-kapalina Interakce protein-nukleová kyselina Molekulová dynamika Simulace Monte Carlo Electrostatic interactions Partial atomic charges Electronegativity equalization method DEP domain C-terminal domain of RNA polymerase II LRV1 virus Protein-membrane binding Liquid-liquid phase separation Protein-nucleic acid interactions Molecular dynamics simulations Monte Carlo simulations
Language used: English
Date on which the thesis was submitted / produced: 20. 6. 2023
Identifier:
https://is.muni.cz/th/f3ib5/
Thesis defence
- Date of defence: 11. 9. 2023
- Supervisor: prof. RNDr. Robert Vácha, PhD.
- Reader: RNDr. Mgr. Jan Heyda, Ph.D., Dr. Milán Szöri
Citation record
ISO 690-compliant citation record:
FALGINELLA, Francesco Luca. \textit{Computational modelling and study of electrostatic interactions in biological systems}. Online. Doctoral theses, Dissertations. Brno: Masaryk University, Faculty of Science. 2023. Available from: https://theses.cz/id/92k7k0/.
Full text of thesis
Contents of on-line thesis archive
Published in Theses:- světu
Other ways of accessing the text
Institution archiving the thesis and making it accessible: Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakultaMasaryk University
Faculty of ScienceDoctoral programme / field:
Biomolecular chemistry and bioinformatics / Biomolecular chemistry and bioinformatics
Theses on a related topic
-
Recruitment of transcriptional elongation factor Spt6 to C-terminal domain of RNA polymerase II
Pavel Brázda -
Mechanisms of dsRNA virus replication: Cloning, production and structural characterization of C-terminal domain of sigmaNS.
Nelli Vanessza MANOCZKI -
Structure and Function of the C-terminal Domain of the HsdR Subunit from the Type I Restriction-Modification System EcoR124
Pavel GRINKEVICH -
Recruitment of transcriptional elongation factor Spt6 to C-terminal domain of RNA polymerase II
Pavel Brázda -
The Role of RNA Polymerase II CTD Mimicry in Transcription Termination in Yeast
Tomasz Kabzinski -
Úloha C-terminální domény RNA polymerasy II v transkripčně regulovaném procesu genomové nestability
Květa Pilařová -
Strukturní charakterizace interakce mezi komplexem SOSS a RNA polymerázou II
Tamara Juriňáková -
Studium CTD-domény RNA polymerázy II pomocí pokročilých NMR metod
Barbora Zobačová