Mapování genotypů původce syfilis v celosvětovém měřítku

Bc. Luboš Pajtina

Bakalářská práce

Worldwide genotype mapping of the agent of syphilis

Anotace:

Bakterie Treponema pallidum subsp. pallidum, způsobuje onemocnění syfilis. V práci jsou popsány dva hlavní způsoby molekulární typizace bakterie T. pallidum: CDC metoda a sekvenační metoda. Podle metody CDC byl jako dominantní typ bakterie určen ve většině zkoumaných oblastí typ 14d/f obsahující 14 kopií 60-pb dlouhé repetitivní sekvence v genu arp, restrikční profil d získaný z genů tprE, tprG, tprJ a sekvenční variantu f genu TP0548. Při použití sekvenačního typovacího systému (sekvenace genů TP0136, TP0548 a 23S rRNA) měly klinické izoláty T. pallidum subsp. pallidum nejčastěji genotyp SSS. Byla zaznamenána vysoká diverzita populace kmenů T. pallidum, která se mění v průběhu času. Po kombinaci obou metod typizace bakterie bylo pozorováno geografické rozložení jednotlivých genotypů. Většina klinických izolátů, izolovaných z různých částí světa, byla sekvenčně příbuzná referenčnímu kmeni SS14.

Abstract:

Bacteria Treponema pallidum subspecies pallidum is the causative agent of syphilis. This work describes the two main approaches for molecular typing of T. pallidum: the CDC typing and the sequencing-based typing system. Using the CDC typing, genotype 14d/f was detected as the most abundant type containing 14 repeats of the 60-bp long sequence in the arp gene, restriction profile d acquired from tprE, tprG, tprJ genes and sequence type f of TP0548 gene. Sequencing-based typing, which is based on sequencing of TP0136, TP0548 and 23S rRNA genes, identified genotype SSS as the most abundant type among tested T. pallidum clinical isolates. Moreover, high diversity of T. pallidum strains within the same geographic location was detected during time. Combining the results from both methods of molecular typing, a geographical distribution of genotypes was observed. Most of the clinical strains isolated worldwide showed sequence relatedness to SS14 strain.

Klíčová slova

Treponema pallidum, syfilis, genotyp, mapování, Nichols, SS14, molekulární typování, syphilis, genotype, mapping, molecular typing

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 7. 1. 2015

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 9. 2. 2015
• Vedoucí: prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Experimentální biologie / Molekulární biologie a genetika