Molekulárně-genetické změny u gliálních nádorů

Lucie KOTKOVÁ

Bakalářská práce

Molecular and cytogenetic changes in glial tumors

Anotace:

Studium genetických změn typických pro jednotlivé typy nádorů gliálního původu je klíčové pro zlepšení diagnostiky a volbu personalizované terapie. Tato práce popisuje detekci fúze genů BRAF a KIAA1549, která patří mezi kandidáty na diagnostický marker pilocytárního astrocytomu. Pomocí polymerázové řetězové reakce (PCR) byla fúze detekována u 25 % vyšetřených mozkových nádorů (2 z 8), respektive 40 % pilocytárních astrocytomů (2 z 5). Fúze byla detekována také pomocí metody fluorescenční in situ hybridizace (FISH) s použitím připravené fluorescenční DNA sondy. Amplifikace genu PDGFRA se vyskytuje u gliomů vyššího stupně malignity a je považována za potenciální prognostický faktor. Pomocí FISH s použitím připravené fluorescenční DNA sondy byla amplifikace PDGFRA detekována u 5,6 % nádorů mozku (2 z 36). Z vyšetřovaného souboru poskytovalo odečitatelný signál pouze 57 % (36 z 63) FFPE vzorků nádoru mozku. U nehodnotitelných vzorků byla vysledována souvislost mezi stářím FFPE vzorku a kvalitou poskytovaného signálu. Byly zavedeny a optimalizovány dvě různé metody detekce fůze genů BRAF a KIAA1549 real time PCR a FISH metoda. Pro detekci amplifikace genu PDGFRA byla zavedena FISH diagnostika.

Abstract:

Identification of genetic changes typical for particular subtypes of glioma is crucial for improvement of diagnostics and choosing personalised therapy. This thesis describes detection of BRAF:KIAA1549 fusion, which is considered as possible diagnostic marker for pilocytic astrocytoma. Fusion was detected by polymerase chain reaction (PCR) in 25 % of examined brain tumours (2 out of 8), in 40 % of pilocytic astrocytoma (2 out of 5) specifically. Fusion was also detected by fluorescent in situ hybridization (FISH) using specifically labelled fluorescence DNA probe. Amplification of PDGFRA gene is common in high grade gliomas and is considered possible prognostic factor. Amplification of PDGFRA was detected by FISH using specifically labelled fluorescence DNA probe in 5.6 % of brain tumours (2 out of 36). From examined subset of brain tumours FFPE samples only 57 % (36 out of 63) provided countable signals. Significant connection between FFPE sample age and quality of provided signal was found.

Klíčová slova

gliom, pilocytární astrocytom, PCR, fluorescenční in situ hybridizace, PDGFRA amplifikace, fúze BRAF, KIAA1549

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 15. 5. 2015

Zveřejnit od: 15. 5. 2015

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: Mgr. Magdalena Megová

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biologie / Experimentální biologie