Zavedení metody expresního profilování a její využití při analýze buněčných linií derivovaných z osteosarkomu

Mgr. Petr Chlapek, DiS.

Advanced ('rigorózní') thesis

Instroduction of the expression profiling technique and its application in analysis of cell lines derived from osteosarcoma

Anotácia:

Práce byla vypracována ve spojitosti se zaváděním metody expresních čipů na pracovišti LTBG (Laboratoř nádorové biologie a genetiky). V předkládané práci byly za pomocí expresních čipů porovnány dvě primární buněčné linie derivované ze vzorků osteosarkomu - linie OSA-03 a OSA-05. Tyto CD133-pozitivní linie byly pro srovnání vybrány na základě odlišnosti v expresi nestinu, jenž je v současnosti diskutován jako marker nádorových kmenových buněk (CSCs). Linie OSA-03 byla vybrána pro silnou expresi tohoto proteinu, naproti tomu linie OSA-05 pro nízkou až nedetekovatelnou expresi. Při expresním profilování byla pozornost věnována expresi genů spojovaných nejen s osteosarkomy, ale také s CSCs. Poznatky získané za pomoci expresních profilů jsou v souladu s klinickým stavem pacientů - primární nádor, z něhož byla derivována linie OSA-05, se z tohoto hlediska jednoznačně jeví jako více agresivní. U těchto dvou případů osteosarkomu tedy expresi nestinu nelze přímo spojovat s agresivitou nádoru.

Abstract:

Presented thesis was aimed at an introduction of the expression profiling based on microarray technique into Laboratory of Tumor Biology and Genetics (LTBG). The aim of this work was to compare two primary cell lines derived from osteosarcoma - OSA-03 and OSA-05 cell lines. These CD133-positive cell lines were chosen on the basis of the difference in nestin expression. Nestin is considered to be a marker of cancer stem cells (CSCs). OSA-03 cell line express nestin strongly; in contrast, only a poor expression of this protein was detected in OSA-05 cell line. This study is focused especially on the analysis of genes associated with osteosarcoma and/or with CSCs. Expression profiling results are in accordance with the clinical course of the disease – primary tumor that got origin the OSA-05cell line seems to be more agressive. However, nestin expression is not associated with tumor aggressiveness in these two osteosarcoma cases.

Kľúčové slová

nádorové markery, nestin, CD133, osteosarcoma, nádorové kmenové buňky, tumor markers, tumors cell lines, cancer stem cells

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 2. 10. 2009

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 3. 12. 2009
• Vedúci: prof. RNDr. Vladimír Šimek, CSc.
• Oponent: doc.RNDr. Erika Halášová, Ph.D., MUDr. Bronislava Slaná, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Advanced ('rigorózní řízení') programme / odbor:
Biology / General Biology