Metabolomická analýza moči pacientů s karcinomem ledvin

Daniela VAŠKOVÁ

Bachelor's thesis

Metabolomic analysis of urine from patients with renal cell carcinoma

Abstract:

Incidience rakoviny ledvin ve světě stále stoupá. Jejím nejběžnějším podtypem je renální buněčný karcinom, jehož patobiochemie ještě stále nebyla zcela objasněna. Tato práce si klade za cíl analyzovat vzorky moči pacientů s tímto onemocněním a zdravých kontrol cílenou metabolomickou analýzou za účelem lepšího pochopení patobiochemie tohoto onemocnění. V teoretické části práce jsou shrnuty dosavadní poznatky ohledně stavby a funkce ledvin, aktuálního stavu problematiky karcinomu ledvin, patobiochemii a možnostech studia tohoto onemocnění pomocí omických metod. Metabolomická analýza byla provedena pomocí vysokoúčinné kapalinové chromatografie ve spojení s tandemovou hmotnostní spektrometrií, výsledky byly zpracovány a statisticky vyhodnoceny jednorozměrnými a vícerozměrnými statistickými metodami. Bylo změřeno 169 metabolitů ve 247 vzorcích. Byl potvrzen rozdíl mezi pohlavími u zdravých kontrol a pacientů. Statistickou analýzou bylo zjištěno 17 statisticky významných společných změněných hladin metabolitů mužů i žen, několik desítek statisticky významných změněných hladin metabolitů a 13 vysoce signifikantních unikátních změněných hladin metabolitů pro jednotlivá pohlaví.

Abstract:

The incidence of kidney cancer continues to rise worldwide. The most common subtype is renal cell carcinoma, the pathobiochemistry of which has not yet been fully elucidated. This work aims to analyze urine samples from patients with this disease and healthy controls by targeted metabolomic analysis to better understand the pathobiochemistry of this disease. The theoretical part of the thesis summarizes the existing knowledge regarding the structure and function of the kidney, the current status of renal cell carcinoma, the pathobiochemistry and the possibilities of studying this disease using omics methods. Metabolomic analysis was performed by high-performance liquid chromatography coupled with tandem mass spectrometry, and the results were processed and statistically evaluated by univariate and multivariate statistical methods. The amount of 169 metabolites in 247 samples was measured. The gender difference between healthy controls and patients was confirmed. Statistical analysis revealed 17 statistically significant common altered metabolite levels for both males and females, several dozen statistically significant altered metabolite levels, and 13 highly significant unique altered metabolite levels for each sex.

Keywords

Renální buněčný karcinom, metabolomika, hmotnostní spektrometrie, vysokoúčinná kapalinová chromatografie

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 6. 5. 2024

Thesis defence

• Supervisor: Mgr. Barbora Piskláková

Palacký University Olomouc

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biochemistry / Biochemistry