Strukturní bioinformatika G-kvadruplex vazebných proteinů a jejich interakcí s nekanonickými formami nukleových kyselin

Bc. Jiří MARZOLL

Master's thesis

Structural bioinformatics of G-quadruplex binding proteins and their interactions with noncanonical nucleic acids structures

Abstract:

G-kvadruplexy jsou nekanonickými strukturami nukleových kyselin. Tyto struktury jsou schopné vznikat v oblastech bohatých na guanin, za vzniku planární vazby, takzvané tetrády, přičemž spojení více takovýchto vazeb za sebou zapříčiní vznik takzvaného G-kvadruplexu. Na G-kvadruplexy, stejně jako na jiné strukturní motivy, se vážou proteiny, které tyto struktury mohou ovlivnit (podporovat jejich vznik, či naopak tyto struktury rozplétat). Interakce zkoumané v této práci se zaměřují na zjištění, ve kterých oblastech a s jakými aminokyselinami G-kvadruplexové struktury interagují, a ukazují, že zkoumané proteiny (p53, NEIL2, Rad51, MYF6, CNBP a Nucleophosmin) interagují v simulacích skrze DNA vazebné oblasti (H2TH, ZnF, bHLH). Cíle práce: Definice G-kvadruplexů, analýza souboru proteinů a jejich interakcí s G-kvadruplexy G-kva

Abstract:

G-quadruplexes are non-canonical structures of nucleic acids. These structures are able to arise in guanin rich areas, with formation of plain structure called tetrade, whereas connection of more of these tetrades cause formation of G-quadruplex. On G-quadruplexes, as well as on any other structure motives, are binded proteins, which can these structures affect (induce or inhibit them). Interactions discovered in this work are focused on areas, in which are interactions done, and aminoacids which are included into these interactions. These data shows, that examined proteins (p53, NEIL2, Rad51, MYF6, CNBP and Nucleophosmin) are interacting with DNA through their DNA binding domains (H2TH, ZnF, bHLH). Work goals: G-quadruplex definition, analysis of proteins set and their interactions with G-quadruplexes

Keywords

G-kvadruplexy, proteiny, interakce, aminokyseliny, in-silico

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 24. 4. 2023

Accessible from:: 31. 12. 2999

Thesis defence

• Supervisor: doc. RNDr. Petr Pečinka, Ph.D.

University of Ostrava

Faculty of Science

Master programme / field:
Biology / Experimental Biology