Malování chromozomů u rostlin

Veronika ZOULOVÁ

Bachelor's thesis

Chromosome painting in plants

Abstract:

Předložená bakalářská práce se zabývá analýzou mezidruhových klonů banánovníku (Musa spp.), které vznikly přirozeným křížením mezi planě rostoucími druhy Musa acuminata a Musa textilis, s využitím cytogenetických a molekulárních metod. Teoretická část bakalářské práce pojednává o metodách studia malování chromozomů u rostlin, jejich vývoji a možných aplikacích s důrazem na banánovník (Musa spp.). Dále je popsáno taxonomické zařazení, původ jedlých typů banánovníku a cytogenetická charakterizace genomu banánovníku. Experimentální část byla zaměřena na cytogenetické mapování fluorescenčních sond specifických pro A genom (Musa acuminata) banánovníku a 5S rDNA na preparátech metafázních mitotických chromozomů tří mezidruhových A×T klonů banánovníku s využitím fluorescenční in situ hybridizace. Na základě provedené fluorescenční in situ hybridizace s použitím sond Radka 5 a Radka 6, které jsou specifické pro A genom banánovníku, se podařilo odlišit chromozomy pocházející z Musa acuminata (A genom) a Musa textilis (T genom). Rovněž byly identifikovány chromozomy, které nesou lokusy pro 5S rDNA. Druhá část byla zaměřena na analýzu repetitivních sekvencí specifických pro T genom (Musa textilis) ze sekce Australimusa pomocí Sangerova sekvenování a následné bioinformatické analýzy. Na základě vyhodnocených bioinformatických dat byla úspěšně sestavena a cytogeneticky zamapována repetice CL 33/3 pomocí fluorescenční in situ hybridizace u triploidního mezidruhového A×T klonu.

Abstract:

The presented bachelor thesis deals with the analysis of interspecific clones of banana (Musa spp.), which originated after natural crossing between wild species Musa acuminata and Musa textilis, using cytogenetic and molecular methods. The theoretical part of the bachelor thesis deals with chromosome painting in plants, their development and possible applications, especially on banana (Musa spp.). The taxonomic classification, origin of edible banana clones and cytogenetic characterization of the banana genome is described in the second part. The experimental part was focused on cytogenetic mapping of fluorescent probes specific for A genome (Musa acuminata) and 5S rDNA on metaphase mitotic chromosome preparations of three interspecific A×T banana clones using fluorescence in situ hybridization. Chromosomes derived from Musa acuminata (A genome) and Musa textilis (T genome) were distinguished by fluorescence in situ hybridization using Radka 5 and Radka 6 probes, which are specific for the A genome of the banana. Chromosomes carrying loci for 5S rDNA have been also identified. Molecular characterization was focused on the analysis of repetitive sequences specific for T genome (Musa textilis) from the Australimusa section using Sanger sequencing and subsequent bioinformatics analysis. Based on the evaluated bioinformatics data, the CL 33/3 repeat was successfully assembled and cytogenetically mapped using fluorescence in situ hybridization on a triploid interspecies A × T clone.

Keywords

Malování chromozomů, fluorescenční in situ hybridizace, banánovník (Musa spp.), 5S rDNA, umělý bakteriální chromozom, repetitivní sekvence

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 6. 5. 2022

Thesis defence

• Supervisor: Mgr. Denisa Šimoníková

Palacký University Olomouc

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biology / Molecular and Cell Biology