Použití polymerázové řetězové reakce pro detekci poškození nativní DNA komplexy oxidu osmičelého a diethylpyrokarbonátu.

Bc. Jan SEMER

Diplomová práce

Using of PCR for the detection of dsDNA damage by osmium tetroxide complexes and diethylpyrocarbonate.

Anotace:

Tato práce je věnována použití polymerázové řetězové reakce pro detekci poškození nativní DNA komplexy oxidu osmičelého a dietylpyrokarbonátu. Cílem bylo izolovat plazmidovou DNA s vhodnými jednořetězcovými úseky, aby mohly být modifikovány komplexy oxidu osmičelého a dietylpyrokarbonátu. Dalším cílem byla detekce poškození DNA pomocí polymerázové řetězové reakce a následné gelové elektroforézy. Získané výsledky byly použity pro optimalizaci detekčních podmínek. Komplexy oxidu osmičelého se váží na tyminy jednořetězcových úseků DNA. Navázané komplexy oxidu osmičelého zabrání DNA polymeráze v syntéze DNA. Po elektroforetické separaci lze vidět snižující se množství PCR produktu. Dietylpyrokarbonát reaguje s adeninem v jednořetězcových úsecích DNA. Adenin poškozený dietylpyrokarbonátem nezabránil DNA polymeráze v replikaci DNA.

Abstract:

This thesis is devoted to using of polymerase chain reaction for the detection of dsDNA damage by osmium tetroxide complexes and diethylpyrocarbonate. The first aim was isolation of plasmid DNAs containing local-open structure for the chemical modification by osmium tetroxide complexes and diethypyrocarbonate. The next aim was the detection of DNA damage by means of PCR and gel electrophoresis. Obtained results were used for the optimalization of detection conditions. Osmium tetroxide complexes bind at the thymine in single-stranded segment DNA. Linked osmium tetroxide complexes stop DNA polymerase and protect it to continue of replication. Consequently of those PCR will not proceed completely. After electroforetic separation we can see the decrease of the synthesized PCR product. Diethylpyrocarbonate reacts with adenine in single-stranded segment DNA. Our results showed that adenine damaged by diethylpyrocarbonate did not prevent PCR in DNA replication.

Klíčová slova

Poškození DNA, oxid osmičelý, 2, 2´-bipyridin, dietylpyrokarbonát, polymerázová řetězová reakce

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 19. 4. 2012

Zveřejnit od: 19. 4. 2012

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: RNDr. Petr Pečinka, Ph.D.

OSTRAVSKÁ UNIVERZITA V OSTRAVĚ

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Aplikovaná fyzika / Biofyzika