Ověření dědičnosti markerů mikrosatelitového panelu u velbloudů

Bc. Tereza Grygarová

Master's thesis

Verification of inheritance of microsatellite panel markers in camels

Anotácia:

Diplomová práce se zabývá ověřením dědičnosti vybraných mikrosatelitů z panelu mikrosatelitů z oblasti MHC u velbloudů. Teoretická část se věnuje charakteristice rodu Camelus. Zejména pak adaptačním mechanismům umožňujícím velbloudům přežívat v podmínkách, které jsou pro jiná hospodářská zvířata nehostinná. Popsány jsou i mikrosatelity, které se staly výbornou volbou nejen v analýze dědičnosti. Praktická část byla založena na fragmentační analýze v přístroji ABI PRISM 3500, které předcházela izolace DNA, multiplex PCR amplifikace mikrosatelitových lokusů a elektroforetické ověření na gelu. Pomocí programu GeneMapper 5 byly vypočítány velikosti amplifikovaných fragmentů, určeny genotypy a ověřena mendelistická segregace.K ověření dědičnosti mikrosatelitového panelu byly vybrány čtyři mikrosatelitové markery, a to M29_I, M35_II, M41_III a M42_III. Nejméně polymorfním byl mikrosatelit M29_I z oblasti MHC I a nejvíce polymorfním byl mikrosatelit M42_III z oblasti MHC III. Obecně lze mikrosatelity z mikrosatelitového panelu považovat za spolehlivé pro ověření původu alel a mohou být dále použity k odhalení polymorfismu MHC oblasti velbloudů.

Abstract:

The diploma thesis is focused on the verification of inheritance of selected microsatellites from the microsatellite panel of the MHC locus in camels. The theoretical part deals with the characteristics of the genus Camelus. Special focus is given to adaptation mechanisms allowing camels to survive in conditions that are inhospitable for other livestock species. Microsatellites which are also described became an excellent choice not only in parentage analysis. The practical part was based on fragment analysis in genetic analyser ABI PRISM 3500, which preceded DNA isolation, multiplex PCR amplification and gel electrophoresis. Using GeneMapper 5 software, amplified fragment sizes were calculated and mendelian segregation verified.For assembly microsatellite panel four microsatellite markers were selected, M29_I, M35_II, M41_III a M42_III. The least polymorphic was microsatellite M29_I of the MHC I region and the most polymorphic was microsatellite M42_III of the MHC III region. In general, microsatellites from the microsatellite panel can be considered reliable for verifying the origin of the alleles and can be further used to reveal polymorphism of the MHC region of camels.

Kľúčové slová

mikrosatelit, velbloud, hlavní histokompatibilitní komplex (MHC), fragmentační analýza

Keywords

fragment analysis, microsatellite, camel, major histocompatibility complex (MHC)

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 25. 4. 2019

Obhajoba závěrečné práce

• Vedúci: prof. RNDr. Aleš Knoll, Ph.D.

Mendel University in Brno

Faculty of AgriSciences

Master programme / odbor:
Animal Breeding / Animal Biotechnology