Termostabilita komplexů p53-DNA.

Bc. Nikol MIKYSKOVÁ

Master's thesis

Thermostability of p53-DNA complexes.

Abstract:

Protein p53 hraje rozhodující roli v regulačních cestách, které vedou k zastavení buněčného cyklu, k opravě DNA a k apoptóze. Z tohoto důvodu patří p53 mezi jeden z nejvíce zkoumaných proteinů. V této práci byly zkoumány tepelné podmínky vazby p53 (jak celého proteinu, tak jeho izolované jaderné domény) na několik typů superhelikální plasmidové DNA, její lineární fragmenty a na nekanonické struktury DNA. K pozorování vazby byly využity metody EMSA a cirkulárního dichroismu. Z výsledků práce vyplývá, že C-terminální doména hraje důležitou roli ve všech vazebných interakcích p53 a při vazbě proteinu na 4G a 6G kvadruplexy dochází k jejich strukturní stabilizaci. V případě 6G kvadruplexu protein p53 preferuje vazbu na antiparalelní typ struktury. Při statistických analýzách teplotních závislostí vazby p53 k superhelikální plasmidové DNA byla nejprokazatelnější vazba při 22 a 37 °C.

Abstract:

The p53 protein plays an important role in regulatory pathways that lead to cell cycle arrest, DNA repair and apoptosis. For this reason, p53 belongs to one of the most investigated proteins. In this work, the thermal conditions of p53 binding (both the full length protein and its isolated core domain) to several types of superhelical plasmid DNA, its linear fragments, and the noncanonical DNA structures were investigated. EMSA and circular dichroism were used to observe the binding. The results of the work show that the C-terminal domain plays an important role in all p53 binding interactions and their structural stabilization occurs in the binding of the protein to 4G and 6G quadruplexes. In the case of the 6G quadruplex the protein p53 prefers a binding to the antiparallel type of structure. Statistical analyzes shown that the most significant binding of p53 to superhelical plasmid DNA was at 22 and 37 °C.

Keywords

p53, DNA vazba, plasmidová DNA, kvadruplex, termostabilita, C-terminální doména.

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 23. 4. 2018

Thesis defence

• Date of defence: 15. 5. 2018
• Supervisor: doc. RNDr. Petr Pečinka, Ph.D.

University of Ostrava

Faculty of Science

Master programme / field:
Biology / Experimental Biology