Programové vybavení s grafickým rozhraním pro analýzu a vizualizaci bioinformatických dat.

Bc. Daniel Vodák

Diplomová práce

Software with a graphical interface to bioinformatic data analysis and visualization.

Anotace:

Předmětem práce je rozšíření programu RapidMiner, systému pro správu pracovních toků, o funkce pro analýzu a vizualizaci sekvencí proteinů a nukleových kyselin. Vedle informací o biologických sekvencích a obohacované aplikaci je poskytnut podrobný přehled vytvořených nástrojů. Ukázkové příklady analýz dokumentují dobrou integraci nového rozšíření, dosažené výsledky pak prokazují jeho užitečnost v praxi. Uplatnění by tato práce mohla nalézt rovněž jako základ pro další rozšíření.

Abstract:

The subject of this thesis is extending RapidMiner, a workflow management system, by adding functions for analyzing and visualizing sequences of proteins and nucleic acids. Next to information about biological sequences and the enriched application, a detailed overview of newly created tools is provided. Example analyses document good integration of the presented "plug-in", while obtained results prove its practical value. Its use could this work find also as a basis for further extensions.

Klíčová slova

DNA, protein, pracovní tok, workflow, vizualizace, zarovnání, sekvenční vzory, grafické uživatelské rozhraní, GUI

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 10. 1. 2011

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 10. 2. 2011
• Vedoucí: Ing. Matej Lexa, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Vojtěch Bystrý, Ph.D.

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Magisterský studijní program / obor:
Aplikovaná informatika / Bioinformatika