Optimalizace přípravy knihoven pro multiparalelní sekvenování v diagnostice kolorektálního karcinomu

Mgr. Lucie KOTKOVÁ

Master's thesis

Optimization of library technology for multi-parallel sequencing in the colorectal cancer diagnostics

Abstract:

Personalizovaná terapie je pro pacienty s kolorektálním karcinomem velká naděje na prodloužení a zkvalitnění života. U pacientů indikovaných k léčbě inhibitory EGFR (cetuximab, panitumumab) je nezbytné znát mutační status genů KRAS a NRAS, které jsou markery negativní odpovědi na léčbu, a prognostického markeru BRAF. Komerčně dostupné diagnostické kity zaměřené na genotypizaci těchto genů založené na přístupech sekvenování nové generace se v současné době potýkají s dlouhým a finančně nákladným zpracováním jednoho vzorku. Příprava sekvenační knihovny probíhá typicky ve dvou až čtyřech krocích, což klade vyšší nároky na personál z hlediska času i rizika možných chyb. Nově vyvinutá metoda fastRAS umožňuje přípravu sekvenační knihovny v jednom kroku, je uživatelsky příjemnější, rychlejší než stávající metody, snižuje celkové náklady na genotypizaci jednoho vzorku a je dostatečně robustní pro zpracování bez nutnosti technických replikátů. Metoda prošla validací a byla akreditovaná pro diagnostickou praxi.

Abstract:

Personalised therapy promises prolonged and better quality survival for patients with colorectal carcinoma. Mutation status of KRAS and NRAS genes is important in patients indicated for anti-EGFR treatment (cetuximab, panitumumab), because it predicts negative response to therapy. Mutational status of BRAF is considered to be a prognostic marker. Problems of commercialy available genotyping kits based on next generation sequencing approach are long and expensive processing of one sample. Peparation of sequencing library mostly takes from two to four steps which makes it time-consuming and it carries a high risk of possible mistakes. Newly developed fastRAS method enables one-step library preparation with less costs for genotyping one sample, it is more user friendly, faster comparing to standard methods and robust enough to process a sample without the need of technical replicates. The method had been validated and accredited for diagnostics.

Keywords

kolorektální karcinom, sekvenování nové generace (NGS), multiparalelní sekvenování, anti-EGFR terapie, cetuximab, panitumumab, KRAS, NRAS, BRAF

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 10. 5. 2017

Thesis defence

• Date of defence: 8. 6. 2017
• Supervisor: Ing. Rastislav Slavkovský, Ph.D.

Palacký University Olomouc

Faculty of Science

Master programme / field:
Biology / Experimental Biology