Výpočetní nástroj pro automatickou anotaci vnoření transposonů v genomech z NGS dat – Bc. Zuzana Dvořáková
Bc. Zuzana Dvořáková
Bachelor's thesis
Výpočetní nástroj pro automatickou anotaci vnoření transposonů v genomech z NGS dat
An automatic pipeline for computational annotation of transposable element insertions in NGS data
Abstract:
Tato bakalářská práce se věnuje mobilním elementům (transposonům) v genomu a jejich vzájemnému vnořování. Cílem práce bylo vytvořit program, který bude vyhledávat taková vnoření v datech získaných metodami nového sekvenování (readech) bez potřeby skládání genomu. Vytvořený nástroj byl otestován na datech z kukuřice.Abstract:
This bachelor thesis deals with mobile elements (transposons) in a genome and their mutual nesting. The aim was to create a program that will detect those nestings in next generation sequencing data (reads) without the need of genome assembly. Created tool was tested on data from corn.
Language used: Czech
Date on which the thesis was submitted / produced: 17. 5. 2016
Identifier:
https://is.muni.cz/th/uszu3/
Thesis defence
- Date of defence: 24. 6. 2016
- Supervisor: Ing. Matej Lexa, Ph.D.
- Reader: RNDr. David Šafránek, Ph.D.
Citation record
ISO 690-compliant citation record:
DVOŘÁKOVÁ, Zuzana. \textit{Výpočetní nástroj pro automatickou anotaci vnoření transposonů v genomech z NGS dat}. Online. Bachelor's thesis. Brno: Masaryk University, Faculty of Informatics. 2016. Available from: https://theses.cz/id/9ee420/.
Full text of thesis
Contents of on-line thesis archive
Published in Theses:- světu
Other ways of accessing the text
Institution archiving the thesis and making it accessible: Masarykova univerzita, Fakulta informatikyMasaryk University
Faculty of InformaticsBachelor programme / field:
Applied Informatics / Bioinformatics
Theses on a related topic
-
Analýza patogenních genetických variant u dětí s mentálními retardacemi pomocí metod komparativní genomové hybridizace na mikročipech (array-CGH) a sekvenování "nové generace" (NGS)
Markéta Wayhelová -
Molekulární charakterizace rezistence a virulence epidemických klonů Klebsiella pneumoniae pomocí sekvenování nové generace
Martina Strnadová -
Isocitrát dehydrogenáza u difúzních gliomů: mutační analýza genů IDH1/2 pomocí sekvenování nové generace (NGS)
Kateřina Zettlová -
Analýza vybraných genů pro stanovení genetických predispozic ovlivňujících sportovní výkon pomocí sekvenování nové generace
Lucie Kulišťáková -
Sekvenování nové generace při studiu regulace genů u rostlin
David Vlk -
Aplikace sekvenování nové generace pro fylogenetickou analýzu bakteriálních genomů a metagenomiku
Vojtěch Kovařovic -
Detekce patogenních genetických variant pomocí sekvenování nové generace u dětských pacientů s mentální retardací
Hana Poláčková -
Prognostické markery chronické lymfocytární leukemie a význam sekvenování nové generace při jejich analýze
Barbara Vonková