Genotypizace biomarkerů pro léčbu thiopuriny na bázi rychlého masivně paralelního sekvenování

Bc. Tereza Vyhnalová

Diplomová práce

Genotyping of biomarkers for thiopurine therapy using rapid massively parallel sequencing

Anotace:

Rozvoj nežádoucích účinků v důsledku léčby thiopuriny představuje problém, s kterým se celosvětově potýkají lékaři ve své klinické praxi. Část nežádoucích reakcí může být způsobena přítomností polymorfismů v genech TPMT, NUDT15, ITPA a PACSIN2. Byla zavedena metodika genotypizace vybraných polymorfismů v těchto genech pomocí rychlého masivně paralelního sekvenování. Metodika byla optimalizována a byla zahájena její validace. Specifita a senzitivita metody v pilotních experimentech činila 100 % (n = 8), proto je vhodné ve validaci pokračovat za použití více vzorků. Limit detekce metody pro vstupní množství DNA byl 1ng.

Abstract:

The development of adverse effects as a result of thiopurine treatment is a problem faced by physicians in their clinical practice worldwide. Some adverse reactions may occur due to the presence of polymorphisms in the TPMT, NUDT15, ITPA and PACSIN2 genes. A methodology has been established to enable genotyping of selected polymorphisms in these genes using rapid massively parallel sequencing. The methodology was optimized and validation was started. The specificity and sensitivity of the method in pilot experiments was 100% (n = 8), therefore it is relevant to continue the validation using more samples. The limit of detection for the DNA input was 1ng.

Klíčová slova

TPMT, thiopuriny, 6- merkaptopurin, azathioprin, thioguanin, sekvenování nové generace

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 17. 5. 2023

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 28. 6. 2023
• Vedoucí: Ing. Rastislav Slavkovský, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Zuzana Rožánková, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biotechnologie / Biotechnologie