Využití sekvenování nové generace pro identifikaci dědičných poruch způsobujících kardiomyopatie

Lenka VYSLOUŽILOVÁ

Bakalářská práce

High-throughput sequencing and its use for identifying inherited causes of cardiomyopathies

Anotace:

Kardiomyopatie je onemocnění srdečního svalu spojené s jeho dysfunkcí. Často jsou tato onemocnění spojena s život ohrožující arytmií a jsou jednou z nejčastějších příčin náhlé srdeční smrti, zejména u mladých lidí. Jednou z nejčastějších kardiomyopatií je dilatační kardiomyopatie. V některých případech je příčina nemoci neznámá, ale většinou se jedná o familiární typ onemocnění. Dosud je známo velké množství mutací v různých genech, u nichž byla prokázána asociace se vznikem tohoto onemocnění. V současné době je však samotné genetické vyšetření ekonomicky i časově náročné. I přesto se předpokládá, že se genetické testování stane rutinním vyšetřením. Z těchto důvodů je teoretická část bakalářské práce zaměřena na problematiku kardiomyopatií, na jejich klasifikaci a familiární typy tohoto onemocnění a na sekvenování nové generace, které lze využít právě k rozšířené identifikaci těchto chorob. V experimentální části byla připravena DNA knihovna 11 vzorků pacientů s diagnostikovanou dilatační kardiomyopatií. Následně bylo provedeno sekvenování 46 genů pomocí platformy Illumina na přístroji MiSeq. Detekované varianty byly filtrovány a celkem bylo vytipováno 28 mutací v 9 genech, z nichž 4 varianty byly zhodnoceny jako potenciálně patogenní.

Abstract:

Cardiomyopathy is an illness of myocardium connected to its dysfunction. Often, these diseases are associated with life-threatening arrhythmias and are one of the most common causes of sudden cardiac death, especially among young people. One of the most common cardiomyopathy is dilated cardiomyopathy. In some cases, the cause of the disease is unknown, but it is usually a familial type of illness. A large number of mutations in various genes have been associated with the development of the disease. However, the actual genetic examination is currently economically and time-consuming. Despite these facts, it is believed that genetic testing will become a routine examination. For these reasons, the theoretical part of the thesis focused on cardiomyopathy, the classification and familial forms of the disease, and next generation sequencing, which can be used to precisely identify these diseases. In the experimental part, DNA library of 11 patient samples with dilated cardiomyopathy was prepared. Subsequently sequencing of 46 genes was performed using the Illumina platform on the device MiSeq. Detected variants were filtered and 28 mutations in 9 genes were identified in total. Four variants were evaluated as potentially pathogenic.

Klíčová slova

kardiomyopatie, sekvenování nové generace, mutace, familiární onemocnění, náhlá srdeční smrt

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 6. 5. 2016

Zveřejnit od: 6. 5. 2016

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: Ing. Rastislav Slavkovský, Ph.D.

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biologie / Molekulární a buněčná biologie