Metody RAD sekvenování v populační genetice a evoluci

Ladislav KOLEČKÁŘ

Bakalářská práce

RAD sequencing methods in population genetics and evolution

Anotace:

Práce stručně shrnuje vybrané přístupy sekvenování DNA, jakožto nástroje v biologických studiích. Práce se nejprve zabývá izolací a přípravou DNA a jejími fragmenty. Pozornost je dále věnována metodám studujícím příbuznost mezi organismy pomocí makromolekulárních markerů, včetně základního popisu metod sekvenování nové generace (z anglického Next Generation Sequencing, NGS). Stěžejní kapitolu tvoří jedna z nejnovějších metod sekvenování a to metoda RAD sekvenování (z anglického Restriction-site Associated DNA Sequencing, RADSeq), což je sekvenování oblastí genomu vybraných na základě délky po enzymatickém restrikčním štěpení DNA. V práci popisuji několik modifikací metody RADSeq a předkládám vybrané vědecké studie zaměřené na obratlovce, které RADSeq přístupy aplikovaly. Tato práce má za cíl sloužit jako podklad pro nastudování základů této problematiky a pro tvorbu diplomové práce.

Abstract:

This Thesis briefly summarizes selected approaches of DNA sequencing including next generation sequencing as tools in biological studies. The first part of the Thesis is focused on DNA isolations and pres-sequencing DNA preparations. The Thesis further deals with methods using macromolecular markers to estimate relationships between organisms. Here an array of modern Next Generation Sequencing (NGS) methods is briefly described. A key chapter of the Thesis is dedicated to the Restriction-site Associated DNA Sequencing (RADSeq) methodology, which includes a sequencing of genome regions, selected by their length after an enzyme cleavage of DNA. Several modifications of RADSeq methodology is discussed including an application example in vertebrates studies. This summary serves mainly as a general overview for those interested in a history of a work with genotypic and phenotypic information in biological studies and as a pre-step for my Diploma Thesis.

Klíčová slova

sekvenování nové generace, NGS, RAD markery, RADSeq, ddRADSeq

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 12. 8. 2018

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 27. 8. 2018
• Vedoucí: RNDr. Lukáš Choleva, Ph.D.

OSTRAVSKÁ UNIVERZITA

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biologie / Biologie - Matematika (dvouoborové)