Analysis of Tools and Pipeline for Processing Long-Read Sequencing Data

Barbora SOUKUPOVÁ

Bakalářská práce

Abstract:

Long-read sequencing is a technology that has revolutionised the field of genomics. Unlike previously used sequencing techniques, which are able to read only short fragments of DNA, long-read sequencing can produce reads of tens of thousands of bases in length, providing a new and more comprehensive view of the genome. This thesis introduces the principles of long-read sequencing and its advantages and disadvantages over other sequencing methods. It provides an analysis of the tools and pipelines that are available for long-read sequencing data analysis as well as the current applications.

Abstract:

Long-read sekvenování je technologie, která způsobila revoluci v oblasti genomiky. Na rozdíl od dříve používaných sekvenačních technik, které dokážou přečíst pouze krátké úseky DNA, long-read sekvenování dokáže číst až desítky tisíc bází najednou, což poskytuje nový a komplexnější pohled na genom. Tato práce představuje principy long-read sekvenování a jeho výhody a nevýhody oproti jiným metodám sekvenování. Cílem této práce je poskytnout přehled dostupných nástrojů a pipeline, které jsou k dispozici pro analýzu dat z long-read sekvenování, a také shrnout současné aplikace.

Keywords

DNA sekvenování, long-read sekvenování, sekvenování nové generace, analýza long-read dat, nástroje pro analýzu dat, pipeline pro analýzu dat

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 31. 5. 2023

Zveřejnit od: 31. 12. 2999

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: Ing. Lucie Houdová, Ph.D.

ZÁPADOČESKÁ UNIVERZITA V PLZNI

Fakulta aplikovaných věd

Bakalářský studijní program / obor:
Kybernetika a řídicí technika / Umělá inteligence a automatizace