Metody analýzy 3D struktury bakteriálních toxinů

Mgr. Bc. Magda Zaoralová

Bachelor's thesis

The 3D structure of bacterial toxins

Anotácia:

Tato literární rešerše představuje shrnutí znalostí o známých 3D strukturách bakteriálních toxinů se zaměřením na koliciny, toxiny produkované bakterií Escherichia coli. V první části představí základní charakteristiku a typy bakteriocinů. Následuje tabulka obsahující soupis v současnosti známých struktur včetně přístupových kódů databází Molecular Modeling Database (MMDB) a Protein Data Bank (PDB) a jejich popis včetně závěrečného shrnutí společných znaků. Nakonec se věnuje dvěma nejpoužívanějším metodám, RTG krystalografii a NMR a diskutuje možnosti využití znalosti popsaných 3D struktur.

Abstract:

This review summarizes the knowledge of the known 3D structures of bacterial toxins. It is focused on toxins produced by the bacteria Escherichia coli, colicins. The first part introduces the basic characteristics and types of bacteriocins. It is followed by a table containing a list of currently known structures including: access codes for databases, Molecular Modeling Database (MMDB), and the Protein Data Bank (PDB). It also includes their description and the final summary of common characteristics. Finally, there are described two most widely used methods, X-ray crystallography and NMR, and the possibilities of applications are discussed.

Kľúčové slová

bakteriocin, bakteriální toxin, kolicin, krystalografie, NMR, nukleární magnetická rezonance, 3D struktura bacteriocin, bacterial toxin, colicin, crystallography, nuclear magnetic resonance, 3D structure

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 9. 1. 2013

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 7. 2. 2013
• Vedúci: prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / odbor:
Experimental Biology / Molecular Biology and Genetics