Metoda pro identifikaci MICA a MICB genů

Lucie ROTTENBORNOVÁ

Bakalářská práce

MICA and MICB Gene Identification Method

Anotace:

Bakalářská práce se zabývá identifikací alel MICA a MICB genů pro následné použití v rámci transplantce kostní dřeně. Cílem práce je seznámení se s významem genů MICA a MICB, porovnání sekvenačních metod, zejména Sangerovo sekvenování a Next-generation sekvenování (NGS), porozumění problematice identifikace alel a následný návrh metody pro automatickou identifikaci alel. Metoda byla vyvíjena na základě syntetických dat s vlastnostmi vycházejícími z reálných experimentů prováděných ve FN Plzeň. Kromě samotné metody realizované v jazyce Python za pomoci rozšíření Biopython je v práci popsán způsob získávání referenčních dat, vytváření syntetických dat a zhodnoceny výsledky ověřování metody.

Abstract:

This bachelor thesis deals with the identification of alleles of MICA and MICB genes for subsequent use in bone marrow transplantation. The aim is to get acquainted with the importance of MICA and MICB genes in bone marrow transplant, comparison of sequencing methods, especially Sanger sequencing and Next-generation sequencing (NGS), understanding the problems of allele identification and subsequent design of method for automatic allele identification. The method was developed based on synthetic data with properties similar to real data from experiments performed at FN Plzeň. In addition to the method implemented in Python using the Biopython extension, the work describes the method of obtaining reference data, creating synthetic data and evaluating the results of verifying the method.

Klíčová slova

bioinformatika, bioinženýrství, identifikace genů, MICA, MICB, Sangerovo sekvenování, Sekvenování nové generace

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 16. 8. 2021

Zveřejnit od: 31. 12. 2999

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: Ing. Lucie Houdová, Ph.D.

ZÁPADOČESKÁ UNIVERZITA V PLZNI

Fakulta aplikovaných věd

Bakalářský studijní program / obor:
Inženýrská informatika / Inteligentní komunikace člověk - stroj