Charakterizace podjednotek SMC5-6 komplexu a jejich partnerů

Bc. Beáta Balázs

Master's thesis

Charakterization of SMC5-6 complex subunits and their partners

Anotácia:

SMC (Structural Maintenance of Chromosomes) proteinové komplexy se podílejí na základních regulačních procesech chromozomu, včetně dynamiky a segregace, udržení stability genomu a transkripci. Úloha jednoho z nich - Smc5-6 komplexu zůstává nadále nejasná. FANCM (Fanconi anaemia complementation group M) proteinová rodina se skládá z DNA helikáz a translokáz, které jsou důležité při opravě DNA. U homologu v S. cerevisiae (Mph1) bylo prokázáno, že je důležitý pro správnou funkci Smc5-6 komplexu [27; 84]. Nicméně není známo, zda je tato funkční interakce stejně konzervována i mezi jinými organismy. Hlavním cílem této práce bylo studovat fyzickou a funkční interakci mezi Fml proteiny a podjednotkami Smc5-6 komplexu v modelovém organismu S.pombe. Interakci mezi Fml1 a Smc5-6 komplexem se nám podařilo úspěšně prokázat pomocí pull-down a yeast two-hybrid metod. Také jsme ukázali, že interakce mezi Fml1 a Nse3 by mohla mít stimulační efekt na „branch migration“ aktivitu Fml1. Nicméně, naše výsledky jsou pouze začátkem výzkumu hledání společné funkce Smc5-6 komplexu a Fml proteinu.

Abstract:

SMC (Structural Maintenance of Chromosomes) protein complexes are related to many fundamental chromosome-based processes, including chromosome dynamics and segregation, maintenance of genome stability, and transcription. The main function of one of its members, Smc5-6 complex, remains still unclear. The FANCM (Fanconi anaemia complementation group M) protein family consists of DNA helicases and translocases which are important during DNA repair. The budding yeast ortholog of the human FANCM protein (Mph1) was shown to be important for the correct function of the Smc5-6 complex [27; 84]. However, it is not known whether this functional interaction is conserved among other organisms as well. The main objective of this thesis was to study the physical and functional interplay between the Fml proteins and the Smc5-6 complex in the model organism S. pombe. We successfully identified an interaction between Fml1 and the Smc5-6 complex using pull-down and yeast two-hybrid assays. We also showed that the interaction between Fml1 and Nse3 might have a stimulatory effect on Fml1´s branch migration activity. However, there is still much to learn about the possible function and common role of Smc5-6 and Fml1.

Keywords

SMC5-6 komplex, Fml1, Fml2, Schizosaccharomyces pombe, oprava DNA, homologní rekombinace, branch migration, Smc5-6 complex, DNA repair, homologous recombination

Jazyk práce: English

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 14. 5. 2015

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 4. 6. 2015
• Vedúci: Mgr. Peter Kolesár, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Biochemistry / Genomics and Proteomics