Informační systém komponent pro optickou mikroskopii

Mgr. Jakub Kulaviak

Bachelor's thesis

Information system of optical microscopy components

Abstract:

Výrobou komponent pro optickou mikroskopii se zabývá celá řada firem. Většina z nich na svých stránkách uveřejňuje seznam produktů spolu s jejich charakteristikami. Pro zákazníka je obtížné a časově náročné procházet nabídku stovek komponent a vhodně je zkombinovat, proto výrobci nabízejí univerzální soustavy, které jsou vhodné pro rutinní práci. V případě, že uživatel potřebuje systém vytvořený na míru pro speciální účely, musí volbě komponent věnovat značné úsilí a systém si navrhnout. Typická soustava používaná ve fluorescenční mikroskopii se skládá z těla mikroskopu, světelného zdroje, excitačního filtru, dichroického zrcadla, objektivu, fluorescenčního vzorku, emisního filtru a kamery. Cílem bakalářské práce bylo získat charakteristiky komponent dostupných na trhu a vybudovat informační systém poskytující základní informace o všech komponentách v jednotné podobě a na jednom místě. Systém by měl umět vyhledat vhodnou komponentu a navrhnout optimální optický systém. Požadavkem bylo, aby se s ním pracovalo pomocí webového prohlížeče a měl jednoduché a intuitivní uživatelské rozhraní. V prvních dvou kapitolách práce je čtenář uveden do problematiky a seznamuje se se základními pojmy. Třetí kapitola začíná historií informačních systémů a přístupy použitými při jejich vývoji a pokračuje analýzou řešeného systému. Navazuje na ni kapitola věnující se architektuře a návrhu systému. V páté kapitole se popisuje, jak byl informační systém realizován a jaké byly při tom použity technologie. Závěr obsahuje shrnutí práce, přehled a diskusi dosažených výsledků. Cíl práce byl splněn, informační systém se podařilo implementovat podle požadavků. Navíc obsahuje několik vylepšení, které práci s ním usnadňuji a zvyšují jeho hodnotu. Informační systém Optic byl ke dni 18.5.2007 dostupný na adrese http://cbia.fi.muni.cz/optic.

Abstract:

There is a number of companies involved in producing components for the fluorescence microscopy. Most of them publish at their website list of products with the characteristics. It is difficult and time demanding for customer to browse hundreds of components and design optimal optical system. Therefore manufacturers offer universal combinations of components, that are suitable for routine use. In case of particular needs, when user needs special system, he has to make a considerable effort to design it. Typical system used in fluorescence microscopy consists of the microscope body, light source, excitation filter, dichroic mirror, objective, fluorescent dye, emission filter and the camera. Thesis aim was acquisition of component spectral characteristics available in the market and implementation of information system providing basic information about all components in unified fashion and at one place. It should be able to find proper component and design optimal optical system. There was a requirement for application to be accessible via web browser and to have simple and intuitive user interface. First two chapters contain introduction to situation and explanation of fundamental facts. The third chapter starts with history of information systems and approaches used on their development and continues with system analysis. Next chapter addresses architecture and design of system. The fifth chapter describes realization of information system and technologies used on the development. Conclusion contains thesis summary, overview and discusion of results. Information system was implemented according to requirements. It contains some additional improvements that make usage easier and increase its value. Application is accessible at address http://cbia.fi.muni.cz/optic (18.05.2007).

Keywords

Information system, fluorescence, microscope, MVC model, Java, Struts, Hibernate, Informační systém, mikroskop

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 24. 5. 2007

Thesis defence

• Date of defence: 19. 6. 2007
• Supervisor: prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biology / Mathematical Biology