Úloha kasein kinázy 1 v interakcích maligních B-buněk a jejich mikroprostředí.

Bc. Milena Mařáková

Master's thesis

The role of casein kinase 1 in the interaction of malignant B-cells with their microenvironment.

Abstract:

Kasein kináza 1 (CK1) představuje slibný cíl v terapii chronické lymfocytární leukémie (CLL). V dříve publikovaných studiích bylo dokázáno, že má klíčovou úlohu v interakcích mezi rakovinnými B buňkami a jejich mikroprostředím. Moje práce je postavena na datech získaných sekvenační analýzou RNA primárních CLL buněk ovlivněných kokultivací s buňkami myšího stromatu, konkrétně s buněčnou linií M2-10B4, a následnou CK1 inhibicí. Díky výsledkům této analýzy bylo identifikováno několik genů, jejichž exprese byla těmito kultivačními podmínkami ovlivněna. Pro potvrzení či vyvrácení těchto výsledků byla zvolena metoda polymerázové řetězové reakce s reverzní transkripcí v reálném čase (qRT-PCR). Ta byla použita pro měření relativní exprese cílových genů v primárních CLL buňkách a CLL buněčné linii HG3 v kokultivaci s myší stromální linií M2-10B4. V práci je taktéž popsán proces přípravy druhově specifických primerů, které jsou vhodné pro analýzu genové exprese v kokultivačním experimentu zahrnujícím buňky ze dvou různých druhů.

Abstract:

Casein kinase 1 (CK1) presents a promising target in the treatment of chronic lymphocytic leukemia (CLL) since it plays an important role in the interaction between malignant B cells and their microenvironment as described in previously published studies. My thesis is built on findings obtained via RNA sequencing of primary CLL cells affected by co-culture with murine stromal cell line M2-10B4 and subsequent CK1 inhibition. These results led to the identification of several genes influenced under the given cultivation conditions. To confirm or disprove previous research, real-time quantitative reverse transcription polymerase chain reaction (qRT-PCR) was used to measure the relative expression of target genes in primary CLL cells and in CLL cell line HG3 co-cultured with murine stromal cell line M2-10B4. Furthermore, the process of designing species-specific primers, which are suitable for analysis of gene expression in double species co-culture experiment, is described in the thesis.

Keywords

kasein kináza 1, chronická lymfocytární leukémie, CCL3, CCL4, MYC, VEGFA, VCAM1, in vitro model, kokultivace, druhově specifický primer, casein kinase 1, chronic lymphocytic leukemia, co-culture, species-specific primer

Language used: English

Date on which the thesis was submitted / produced: 22. 5. 2023

Thesis defence

• Date of defence: 26. 6. 2023
• Supervisor: Mgr. Pavlína Janovská, Ph.D.
• Reader: Mgr. Hana Svozilová

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Bioanalytical Laboratory Diagnostics in Medicine - Medical Genetics and Molecular Diagnostics / Bioanalytical Laboratory Diagnostics in Medicine - Medical Genetics and Molecular Diagnostics