Analýza genomických změn u pacientů s lymfoidními malignitami

Mgr. Hana Svozilová, Ph.D.

Doctoral thesis

Analysis of genomic changes in patients with lymphoid malignancies

Anotácia:

Genomický výzkum lymfoidních malignit je provázen několika výzvami. Tato práce se zaměřuje na dvě z nich. První z nich spočívá v nedostatku relevantních lokálních genomických referenčních datasetů, což vede k obtížné interpretaci variant. Národní databáze variant, která je zde představena, adresuje tento problém s cílem ovlivnit výzkum a diagnostiku (nejen) lymfoidních malignit a přispět k odhalení germinálních variant spojených s predispozicí k rakovině a odpovídavostí na léčbu. Molekulární výzkum leukémií je také komplikován problematickou in vitro kultivací leukemických buněk nebo obtížností získání čisté nádorové a nenádorové frakce u pacientů se souběhem více hematologických malignit. Tato práce popisuje konkrétní kultivační přístupy, které pomáhají překonat tyto problémy – trojrozměrnou kultivaci napodobující mikroprostředí leukemií a dvourozměrnou selektivní kultivaci použitou k expanzi nenádorových mezenchymálních kmenových buněk.

Abstract:

Genomic research of lymphoid malignancies is accompanied by several challenges. The present thesis focuses on two of them. First, a lack of relevant local genomic reference datasets leads to difficult variant interpretation. A national database of variants presented herein addresses this issue, aiming to impact research and diagnostics of lymphoid malignancies (among other conditions) and contribute to un-covering germline variants linked to cancer predisposition and patient outcomes. Further, molecular research of leukemias is hampered by problematic in vitro culture of leukemic cells or difficulty obtaining pure tumor and non-tumor fractions in patients with concurrent hematological malignancies. The thesis describes specific culture approaches that help to overcome these issues – three-dimensional culture mimicking the architecture of leukemia microenvironment and conventional selective culture utilized to expand non-tumor mesenchymal stem cells.

Keywords

celogenomové sekvenování, genomy, genomika, kultivace, chronická lymfocytární leukémie, lymfoproliferace, rakovina, hematoonkologie, whole genome sequencing, genomes, genomics, biomaterials, culture, chronic lymphocytic leukemia, lymphoproliferation, cancer, hematooncology

Jazyk práce: English

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 22. 9. 2023

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 22. 2. 2024
• Vedúci: prof. RNDr. Šárka Pospíšilová, Ph.D.
• Oponent: Spyros Petrakis, Ph.D., doc. Ing. Tomáš Suchý, Ph.D., prof. Mgr. Kateřina Jirsová, Ph.D

Masaryk University

Faculty of Medicine

Doctoral programme / odbor:
Oncology and Hematology / Experimental Oncology and Tumor Biology