Vývoj a aplikace genově specifických DNA markerů jetele lučního s využitím sekvenování nové generace

Bc. Eliška Tvrzníková

Master's thesis

Development and application of gene-specific DNA markers in red clover using next-generation sequencing

Anotácia:

Jetel luční (Trifolium pratense L.) je významnou pícninou v České republice. Díky rozvíjejícím se metodám sekvenování nové generace bylo osekvenováno mnoho nemodelových druhů, včetně jetele. Na základě sekvence získané metodou Illumina byly navrženy markery SSR i SNP. v této práci byl vypracován postup identifikace odrůd jetele lučního analýzou odlišných alelových spekter pro soubor markerů SSR. Ze získaných dat byl sestrojen fylogenetický strom, který rozdělil soubor odrůd do osmi klastrů na základě podobnosti, ta však nekorelovala s místem původu odrůd. Dále bylo provedeno ověření reprodukovatelnosti analýz s využitím gDNA izolované ve dvou různých stádiích vývoje rostliny. Byly pozorovány rozdíly, nicméně celková podobnost spekter byla vysoká (až 96 %). Analýza markerů SNP potvrdila možnost využití metody pro genotypování a vysokou heterozygotnost těchto lokusů v testovaném souboru vzorků.

Abstract:

Red clover (Trifolium pratense L.) is an important forage plant in the Czech Republic. Thanks to the development of next generation sequencing metods many genomes of non-model species, clover included, were sequenced. Based on the sequence obtained by the Illumina method, SSR and SNP markers were designed. The process of cultivar identification by analyzing different allele spectra for the set of SSR markers was developed in this theses. a phylogenetic tree was constructed based on the data obtained, which divided the set of varieties into eight clusters based on similarity, but no correlation with the origin of varieties was found. Furthermore, the reproducibility analysis of gDNA isolated from two different stages of plant development was performed. Differences were observed, the overall similarity of allele spectra was high however (up to 96 %). SNP marker analysis confirmed the possibility of using the method for genotyping and the high heterozygosity of these loci in the test sample pool.

Kľúčové slová

Trifolium, SSR, SNP, identifikace, sekvenování nové generace, markery

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 9. 5. 2019

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 5. 6. 2019
• Vedúci: doc. RNDr. Jana Řepková, CSc.
• Oponent: Ing. Tomáš Vyhnánek, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Experimental Biology / Molecular Biology and Genetics