Vlastnosti nukleoproteinů rodiny HIN-200 se zaměřením na jejich význam v onkologii

Bc. Sandra Lomnická

Bachelor's thesis

Properties of nucleoproteins of HIN-200 family with focus to their importance in oncology

Abstract:

The HIN-200 family of nuclear proteins is a family of highly homologous human and murine proteins which possess similar primary amino acid sequence and similar biological characteristics. Proteins of the HIN-200 family are found in almost all hematopoietic tissues, although some are also present in non-hematopoietic tissues. This family takes part in many significant processes within cell which include transcriptional regulation of genes important to control of cell cycle, apoptosis, imunomodulation, myeloid differentiation and tumor suppression. Aim of the thesis is a literary exploration of facts about the HIN-200 family of nuclear proteins and study of interaction of three constructs of IFI16 protein with linear and supercoiled DNA. IFI16 protein is made up of domains responsible for binding to DNA- PAAD/DAPIN/PYRIN domain and of two HIN domains (HIN-A and HIN-B). These domain are responsible for binding to DNA. Studies have confirmed that IFI16 protein binds to both superhelical and linear DNA while prefers binding to supercoiled DNA accompanied by creation of retarded complexes in agarose gel. IFI16 protein can very probably bind to local structures stabilized by supercoiled winding.

Abstract:

Rodina nukleoproteínov HIN-200 je rodina vysoko homologických ľudských a myších proteínov, ktoré majú podobnú primárnu sekvenciu aminokyselín a podobné biologické vlastnosti. Proteíny rodiny HIN-200 sa nachádzajú v takmer všetkých hematopoetických tkanivách, no niektoré sú prítomné aj v nehematopoetických tkanivách. Táto rodina sa zúčastňuje mnohých dôležitých procesov v bunke, ktorými sú transkripčná regulácia génov dôležitých pre kontrolu bunkového cyklu, apoptóza, imunomodulácia, kontrola myeloidnej diferenciácie a tumorová supresia. Cieľom bakalárskej práce bola literárna rešerše o nukleoproteínoch rodiny HIN-200 a štúdium interakcie troch konštruktov proteínu IFI16 s lineárnou a superhelikálnou DNA. Proteín IFI16 sa skladá z domén zodpovedných za väzbu k DNA- PAAD/DAPIN/PYRIN domény a dvoch HIN domén (HIN-A a HIN-B). Štúdie potvrdili, že proteín IFI16 sa viaže na superhelikálnu aj lineárnu DNA, pričom preferuje väzbu k superhelikálnej DNA za tvorby retardovaných komplexov v agarozovom géli. Proteín IFI16 sa môže pravdepodobne viazať na lokálne štruktúry stabilizované nadšrobovicovým vynutím.

Kľúčové slová

proteínová rodina HIN-200, interferóny, proteín IFI16, väzba k DNA, HIN-200 family of nuclear proteins, interferons, IFI16 protein, binding to DNA

Jazyk práce: Slovak

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 11. 1. 2012

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 14. 2. 2012
• Vedúci: doc. Mgr. Václav Brázda, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / odbor:
Biochemistry / Biochemistry